三月初八，丰臣秀赖暗中联络石田三成和增田长盛，意图于丰臣秀吉忌日行刺秀保，三成大惊，立即写信阻止，增田长盛也命次子回信秀赖，让其继续忍耐，然次子担心惹祸上身，将书信交于长崎奉行后藤基次，基次立即派人告知秀保；
五月十二，秀保得信，亲往大阪质问秀赖，秀赖恼羞成怒，拔刀乱砍，未曾想竟砍中前来制止的茶茶；
五月十四，夜，茶茶伤重不治于秀保怀中逝世，秀保大怒，决议废除秀赖丰臣栋梁之位，诸大名听闻，表现各不相同；
五月十五，秀保召长子河内光国、三木藩主福岛高吉率兵一万进入大阪，强行替换城内守军，将丰臣秀赖软禁于大阪本丸；
五月十七，秀保颁布教令，以秀赖嗜杀残暴、弑母跋扈为由废除其丰臣栋梁之位，由其子国松继承大阪丰臣氏家业；
六月二十九，水户藩主石田三成、黑木藩主增田长盛、安昙藩主速水守久、松任藩主松浦秀任、小松藩主郡宗保欲对秀保发动兵谏，福岛正则和加藤嘉明也上书秀保，希望其能三思而行；
七月十五，念及众人反对，秀保妥协，仍以丰臣秀赖为丰臣栋梁，却以“弑杀主母，乖张暴虐”为由削减其山城、和泉两国封地，秀赖则入伏见向秀保请罪臣服，六十七万石的大阪藩正式成立。
八月二十五日，浅野幸长病逝，无嗣，二弟浅野长晟继承越前府中藩三十八万石。
庆长十九年（1614年）
元月十八日，最上义光病逝，次子最上义亲继承山形藩五十四万石，并为嫡子迎娶秀保与驹姬侄女天满姬为正室。
四月初七，秀保将山城国西南三万石奉为天皇御料地，天皇大喜，欲封其为太政大臣，秀保坚辞不就。
九月初九，秀保前往丰国神社拜谒秀吉和秀长，巧遇秀赖，秀保告知将从明国请神医为其治疗眼疾，秀赖拜谢；
庆长二十年（1615年）
元月初三，名医张景岳奉万历帝之命前往大阪为丰臣秀赖治疗眼疾，然由于眼疾拖延日久，张景岳亦无能为力；
元月二十六，张景岳经任那返回大明，临行前告诫秀赖平心静气，注意调养也许有康复的余地，秀赖听罢若有所思；
三月初五，秀赖决意如高野山清修以治疗眼疾，秀保应允，乃以片桐且元为大阪城代，令河内光国与福岛高吉撤兵返回本领；
五月下，秀赖于山中偶遇德川家康，家康趁机进谗言，唆使秀赖召集丰臣旧臣起兵推翻秀保；
六月中，秀赖写信询问石田三成，石田深知家康阴险，坚决不允，然秀赖仍为家康说服，准备返回大阪起事；
八月二十八，秀赖正室、家康之孙女千姬诞下嫡长子，取名鹤松，秀赖得知大喜，更加坚定夺取属于自己的天下；
九月初九，秀赖借口祭祀秀吉返回大阪，不顾片桐且元劝说愤然起事，传檄天下，史称“菊節の变”；当天傍晚，秀赖发兵夺取和泉，未料被堺奉行中藤信友击败，损失百余人后仓皇撤回大阪；秀保连夜号令河内光国、丰臣利国、福岛高吉、京极忠高率领四万人包围大阪；
九月初十，越前大圣寺藩主伊东长实、松任藩主松浦秀任、小松藩主郡宗保起兵响应丰臣秀赖，前田利政、那须资吉受命出兵镇压，史称“越前骚乱”；
九月十二，那须资吉攻陷大圣寺；
九月十三，秀保率领御马廻四万抵达大阪城外，要求丰臣秀赖投降；
九月十四，前田利政攻陷小松城，石田三成赶往大阪向秀保求情；
九月十五，原七手组组头、信浓安昙藩主速水守久起兵响应越前骚乱，真田信繁和小笠原忠清领兵镇压；
九月十六，前田利政攻陷松任城，越前骚乱平息；秀保答应石田三成，只要秀赖出城请罪，便既往不咎，三成大喜，立即入城劝谏；
九月十七，速水守久兵败被俘，小笠原忠清亲自押往伏见；傍晚，丰臣秀赖接受石田三成建议，开城投降，“菊节之变”平息；
九月十九，秀保遵守约定，下令赦免丰臣秀赖，然越前三藩及安昙藩遭到废藩，除了速水守久外，其余三位藩主全都阵亡，秀保故不予追究，允许秀赖招募速水为家臣俸禄两千石；石田三成返回水户；
九月二十二，秀保与秀赖密谈至深夜；
九月二十三，秀保决定将和泉国封给秀赖庶长子国松（堺港仍属幕府直辖），知行十一万石，居城岸和田，后世称为“岸和田藩”；
十二月八日，奉秀保之命，以心崇传和藤堂高虎拟定《武家诸法度》以及《禁中并公家诸法度》，以约束大名和公卿，这被后世认为是强化幕府权力的一项重要举措。
庆长二十一年（1616年）
三月初，努尔哈赤于赫图阿拉建国，定都赫图阿拉，史称“后金”，秀保闻讯，立即遣人往赴北京，提醒大明提早应对，然明神宗认为女真恭顺，而倭人非大明子民，有意挑拨，遂对秀保的提醒置之不理；秀保深感大明大难将至，遂于任那动员军势三万，派遣福岛、那须等猛将前往训练，以备万全；
五月二十二，德川家康病逝，秀保命史官为其立传，由于感慨天下已定，战国时代彻底终结，秀保奏请朝廷，明年改年号为“永宁”，以祈求天下安宁；
七月十七，秀保侧室菊亭持子难产而