陈新甲尚在兵部办公，朝廷大员们已经在酝酿着一场风暴。
兵科给事中方士亮首先上疏弹劾陈新甲擅自与关外的鞑子议和，同时附上了马绍愉从关外发回的秘密议和条件的手抄本。
朱由检十分震怒，但陈新甲与鞑子议和的事，他是知道的，也是暗中默许的，便将方士亮的奏章留中不发，却颁发了一道圣旨，严厉批评了陈新甲，让他自我解释。
陈新甲回府后，将家童打了一顿出气，又赶出陈府，但对于朱由检的圣旨，却是束手无策，证据确凿，已经落到言官的手中，自己如何解释？
圣旨中先是严厉斥责，然后让自己解释，皇上摆明了装聋作哑，让自己来承担罪责，解释有什么用，皇上会承认他曾经的默许吗？言官们会停止弹劾吗？
他想到了上次杨嗣昌与黄道周的那次对决，杨嗣昌得到皇上明确的支持，尚不能撼动言官们，自己又能如何？
思前想后，陈新甲还是向皇上上疏。
在奏章中，他解释了与鞑子秘密和谈，完全是为了国家，不是出于私心，如果大明与鞑子暂时达成和议，朝廷就可以集中力量向剿灭流寇……如果不是言官们的阻挠，早些与鞑子达成和议，也就没有了松锦战役的失利，自己不是误国，而是有功于国家……
朱由检接到节奏，不仅大怒，这个陈新甲，简直是个糊涂虫！
他不需要这些申辩，而是需要一个堵住言官之口的理由！
正好另一个兵科给事中沈迅前来求见，亲手递上自己的奏章，朱由检看到言官，心中就有气，他让小太监接过奏章，随意扔在御案上，却是盯着沈迅的双目，“如果让你出任兵部尚书，你能做得比陈新甲更好吗？”
沈迅一愣，顿时语塞，“皇上……”
“流贼肆虐河南、湖广，甚至已经占据了甘肃、四川，你如何出兵平贼？即便不能平贼，你有什么法子抑制流贼向他处蔓延？”朱由检越说越气，双目不知觉瞪得滚圆，“还有关外的鞑子，松锦防线已没，你有什么法子恢复松锦？即便不能恢复松锦，你有什么法子保住宁远，拱卫山海关安全？”
沈迅被朱由检责问，一时不敢说话，忙叩拜谢罪，看到朱由检点头，连奏章也不要了，一溜烟逃出了乾清宫。
言官们抓住这样的机会，绝对不会死心，左都御史刘宗周牵头，吏科给事中马嘉植、刑科给事中曹良直，还有大批的御史，纷纷上疏弹劾陈新甲，朱由检没法，只得下令将陈新甲逮捕下狱，也不着刑部审问，直接宣布开刀问斩。
陈新甲这才害怕了，从狱中上疏，要求辞去兵部尚书一职，目的是要逃避朝廷的处罚。
朱由检不允，已经给过你解释的机会！
陈新甲四处托人求情，建极殿大学士、内阁首辅周延儒，武英殿大学士陈演等，也纷纷为陈新甲求情，到了后来，户科给事中杨枝起、礼科给事中廖国遴这类与周延儒相交甚密的言官，也是上疏替陈新甲求情。
周延儒几乎是拉着皇上的衣袖追到乾清宫，“皇上，陈新甲擅自与鞑子和议，虽然有罪，然罪不至死！”
朱由检甩开周延儒，抬步跨入乾清宫东暖阁，“擅自与敌方和议，难道不是大罪吗？”想到洪承畴已经投靠了鞑子，他对洪承畴，对鞑子生出无限的仇恨，这个仇恨，只能由陈新甲来承担了。
“皇上三思呀！”周延儒跪拜于地，以额头叩地，几乎叩出血来，“按照国法，敌兵不打到城下来，不应当杀掉兵部尚书呀……”
朱由检也不让周延儒起身，却是翻着白眼道：“自从陈新甲出任兵部尚书，朕的七位亲王遇害、受辱，不比敌兵打到城下更严重吗？”
周延儒知道朱由检心意已决，自己无法劝谏，想到崇祯一朝被杀的阁臣、尚书，心中不禁凉了半截，沉默良久，方才缓缓地道：“陈新甲去职，何人继任兵部尚书？”
朱由检让周延儒起身，道：“你是内阁首辅，这个人选，由你提出来！”
周延儒的心中，并没有合适的人选，关外的鞑子耀武扬威，河南、湖广的流贼又是久治不绝，没有一个杨嗣昌类的强人，自己这个首辅也是跟着遭殃，陈新甲算不上出色，但总出不了大事，暗中长叹一声，道：“皇上，兵部右侍郎张国维，是继任兵部尚书的首选人物！”
朱由检沉思片刻，微微颔首，“就依周爱卿！”
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