后来，耶路撒冷被中东一代雄主撒拉丁打下，诸骑士团在不得不撤退，医院骑士团先退到塞浦路斯，在那儿没待多久，1309年又撤到罗得岛。在罗得岛，骑士团用海军阻止了包头佬向东地中海地区的扩张。
当1453年君士坦丁堡落入土耳其人的手里时，罗得岛上的圣若翰骑士团是整个东地中海地区惟一的基督教力量。
在罗得岛的抵抗一直持续到1522年。那一年，苏莱曼一世指挥20万军队乘坐着400艘战舰来到罗得岛，而岛上的骑士团只有7000名士兵，虽然实力对比悬殊，但骑士团依然独立坚守了6个月，土耳其军队据说有5万人在战斗中丧生（罗德岛围攻战）。最后骑士团与土耳其人达成协议，骑士团撤出罗得岛。
他们退到马耳他岛后，今天，他们又面临新一次大考：中国人来了！